Cell：各个领域内最权威专家撰写的新冠病毒溯源综述发表

2021年5同月，美国政府内政部长约翰·肯尼迪命令：对新冠菌株起源地完沦为其90天的调查。8同月下旬是分析报告最后时限。

尽管很多人在焦虑地下次调查结果，不过CNN分析报告了消息灵通人士的断言：

"nothing too earth shattering，"

（没有什么惊天动地的事情）

而另外面对面，生物学家从教育应用领域的角度，亦都从未放弃综清新冠菌株的起源地。

2021年8同月19日，Cell新闻周刊上线了Andrew Rambaut，Kristian Andersen和Edward Holmes等人关于SARS-CoV-2起源地的概述，激起了大量转发和热议。

从禽流感开始，关于菌株起源地的遗传学学资料分析和概述很多都来自于这三个资料分析组成员，因此他们也是我引述和评论者最多的菌株起源地资料分析专家。

Holmes和复旦大学合作，在禽流感开始后第一星期在virological.org上传了第一个SARS-CoV-2数列，沦为了现在所有诊断试剂盒子疫苗水痘开发计划的重构数列；其同月份发表的Cell概述是菌株起源地的一篇佳作。

Andersen同月份在virological.org和Nature Med的研讨书评指明了菌株起源地资料分析的方向，沦为了被引述最多的无关科学论文。

因此，这篇简介概述可以说来自于这个应用领域最立法者的专家根据简介资讯的重要概括。

先前我在发帖上深入资料分析菌株数列和探究很多冠状菌株跨种扩散不止于兴趣，而现在这些素材变成了我的社会已逝动核心素材。我现在开发计划COVID-19疫苗水痘需要深入资料分析大量乌鸦冠状菌株的数列和Western Blot结果，并构建表征和假菌株，探究中和结果；因为这一从兴趣到社会已逝动素材的转变，让我对乌鸦冠状菌株跨种扩散有了很多新从业者认识。而这篇简介概述转化了WHO分析报告，从简介生物学资料角度指不止了现在两栖动物跨种扩散是SARS-CoV-2的最看来来源。

虽然2013年在限时镇发现的RaTG13是现在推断与SARS-CoV-2基因数列最近的冠状菌株，但现在生物资料分析者的深思熟虑是RaTG13不是SARS-CoV-2的血缘，而更看来是两个不尽相同进化分枝上的独立菌株；从ORF1ab等数列推论，另外三种在云南发现的乌鸦冠状RmYN02，RpYN06和PrC31的潜在性状拆分成员菌株（从未曾确定）看来与SARS-CoV-2的血缘极为近，这些资料分析来自于中国语言学家和Holmes。

我经常说，冠状菌株跨种扩散甚为不时，但是演化成大流行起来却如此一来颇高。然而遗憾的是，SARS-CoV-2的乌鸦细菌或中间两栖动物细菌迄今为止仍从未确定，最初的跨鸟类扩散事件也从未确定，这看来是因为从未曾对正确的两栖动物鸟类或种群完成采样，或者SARS-CoV-2的后裔菌株处于低流行起来精神状态。

事实上，很多生物病菌（包括疟疾菌株、丙型肝炎菌株、性疾病菌株以及冠状菌株HCoV-HKU1和HCoV-NL63）的两栖动物起源地从未曾确定， 而语言学家通过十几年的密集资料分析才发现了与SARS-CoV较强少于95%的关联性并且运用于人ACE2作为受体的乌鸦冠状菌株，从而当有了其看来的乌鸦起源地。

关于Lab Leak Theory，历史背景上当今世界lab leak（的实验室截获）病菌的事件并不罕见，但都从未有lab leak激起大流行起来的情况。这是因为lab leak相对于自然现象起源地更容易发现和控制。这篇概述书评从生物学结论上，想方设法反驳了Shi组成员看来不止现的实验室截获的情况。

书评全面性细致地检索了比较好的生物学结论：WIV发表的所有bat-CoV资料分析科学论文，指不止WIV和Shi组成员只尝试分离出来和培训不止3种乌鸦冠状菌株，WIV1-CoV，WIV16-CoV和Rs4874（Ge et al.， 2013；Hu et al.， 2017；Yang et al.， 2015），这三种菌株与SARS-CoV极为近，与SARS-CoV-2远较远。但是RaTG13都从未被尝试分离出来和培训。WIV也都从未分离出来或者构建较强完整的Furin数列的乌鸦冠状菌株。

实际上，Furin数列也见于其他冠状菌株如MERS-CoV，HCoV-OC43和HCoV-HKU1；而SARS-CoV-2运用于的RRAR数列是非常技术性的蛋白酶切割方式。现在仅有的在SARS-CoV中申请加入Furin数列并不来自WIV（Belouzard et al.， 2009；Follis et al.， 2006）。

另外，被相信人工替换成的CGG密码子也见于SARS-CoV。

最富争议的Gain-of-Function在禽流感前并不是一个较强争议的菌株学资料分析，国际菌株资料分析者无关资料分析很多。WIV运用于过SARS-CoV和WIV1-CoV骨架作为表征，但与SARS-CoV-2大相迳庭。

WIV更从未开展过偏移遗传学技术构建已逝冠状菌株。

因此，没有任何生物学结论抛出的实验室截获。

同时，SARS-CoV-2不是乌鸦冠状菌株通过体外传代工具和两栖动物水痘适合于工具建立的。SARS-CoV-2重构毒株不能水痘大鼠，可以水痘大量两栖动物的N501Y等位基因株是在世间广泛流行起来中演化成的。

这一点实际被菌株流行起来过程有规律解析。

SARS-CoV-2增强菌株优点从而上升与ACE2转化技能，上升扩散技能和免疫逃逸的不可或缺等位基因（D614G，N501Y，K417N/T，L452R和E484K/Q）全部是在世间大流行起来后充分利用的，而不是“的实验室内不负责任抽样的”。这一菌株在世间流行起来从而上升优点的过程，提示菌株早期流行起来时的数列和表型并不是菌株最佳的优点精神状态。

我虽然常说冠状菌株跨种流行起来不时，但现在看来，其招致世间大流行起来的频谱看来也在加快。

这篇较强立法者其本质概述的意图，其实也是我有规律强调的，就是寻找到菌株自然现象起源地的两栖动物细菌和跨种扩散途径对预防短期内的冠状菌株跨种流行起来至关重要。

重构不止处：

Edward C. Holmes， et al. The Origins of SARS-CoV-2： A Critical Review.Cell， 2021. DOI：https：//doi.org/10.1016/j.cell.2021.08.017.